Resumo do painel¶
Cabeçalho¶
Use o menu para selecionar uma espécie ou grupo patogênico para mostrar. Cada agente patogênico tem sua própria configuração de painel que é personalizada para mostrar genótipos, resistências e outros parâmetros relevantes. Números indicam o número total de gênios e genótipos disponíveis atualmente no painel selecionado.
Mapear¶
Use o painel de Plotting options à direita para selecionar uma variável para exibir dados de resumo por país no mapa mundial. Os dados de preparação são combinados com estimativas ponderadas sobre proporção para a resistência ou genotipo seleccionado. Um país deve ter N≥ 20 amostras (usando os filtros atuais) para que os dados resumidos sejam exibidos de outra forma, ficará cinza colorido se indicar que dados insuficientes estão disponíveis.
Use o painel Filtro Global à esquerda para recalcular os dados de resumo para um período de tempo específico e/ou subgrupos/s (opções disponíveis variam por patogênico). Os filtros definidos no painel Filtro Global se aplicam não apenas ao mapa, mas a todas as parcelas da página.
Clicar em um país no mapa também funciona como um filtro, para que os pontos resumidos nos painéis abaixo reflitam os dados somente para o país selecionado. Os valores por país exibidos no mapa podem ser baixados clicando no botão de seta para baixo no canto superior direito do painel.
Downloads específicos do Plot: As estatísticas resumidas exibidas atualmente no gráfico (por exemplo, a prevalência da resistência por país; com numerador, denominador e porcentagem) pode ser baixada em formato tabular (TSV) clicando na seta para baixo (canto superior direito do painel). Uma imagem estática (formato PNG) da visualização do mapa atual pode ser baixada clicando no ícone da câmera.
Gráficos resumidos¶
This panel offers a series of summary plots. The default view is «AMR trends». Click a plot title in the rotating selector at the top of the panel, to choose a different plot. The specific plots available vary by pathogen, as do the definitions of AMR and genotype variables (see individual pathogen details). Summary plots are intended to show region- or country-level summaries, but if no country is selected they will populate with pooled estimates of proportion across all data passing the current filters.
Todos os gráficos são interativos. Use o painel de opções de ploting à direita para modificar a região/país para exibir, ou para selecionar outras opções disponíveis para o gráfico atual, como quais variáveis devem ser exibidas e se devem mostrar contagens ou percentagens.
O gráfico de linhas e barras tem uma legenda dinâmica à direita; clique em um valor de eixo x para exibir contagens e percentagens de variáveis secundárias calculadas entre genomas que correspondem àquele valor de eixo x. Por exemplo, todos os agentes patogénicos têm uma conspiração “AMR por genótico”; clique em um genótipo para exibir contagens e percentagens de resistência estimadas para cada medicamento ou classe.
Plot-especificamente downloads: Valores resumidos exibidos no gráfico atual podem ser baixados clicando no botão seta para baixo (canto superior direito do painel). Uma imagem estática (formato PNG) da exibição de plotagem atual pode ser baixada clicando no ícone da câmera.
Comparações geográficas¶
Este painel utiliza mapas de calor para explorar como a prevalência de AMR ou genótipos varia entre países ou regiões. A exibição padrão é prevalência AMR por país.
Use o painel de ploting options à direita para estratificar linhas por região ao invés do país, para ver prevalência genótipo ao invés de AMR (em colunas). Para alguns organismos, há também a opção de traçar colunas como marcadores de resistência (para um medicamento selecionado).
Opções de plotagem também podem ser modificadas para restringir a visão para países ou regiões selecionados (em linhas), ou para subconjuntos específicos de genótipos ou drogas (em colunas). Os países não estão plotados (e não estão disponíveis para selecionar) se o número de amostras que passam o atual filtro global for inferior a 20. Por padrão, os 20 genótipos ou drogas mais comuns (passando filtros atuais) serão incluídos no plot; na lista suspensa para modificar o conjunto específico de drogas ou genótipos mostrados, as opções disponíveis serão ordenadas pela sua frequência na seleção atual.
Plot-especificamente downloads: Valores resumidos exibidos no mapa de calor atual podem ser baixados clicando no botão de seta para baixo (canto superior direito do painel). Uma imagem estática (formato PNG) da exibição de plotagem atual pode ser baixada clicando no ícone da câmera.
Downloads¶
Na parte inferior estão os botões para baixar (1) as informações individuais do genoma que são usadas para preencher o painel («Baixar banco de dados (formato TSV)»); e (2) um relatório estático dos gráficos atualmente exibidos, juntamente com uma descrição básica das fontes de dados e definições de variáveis (‘Download de PDF’).
