Salmonella Typhi

Os dados do Tyfi Salmonella na AMRnet são desenhados de Pathogenwatch, que chama determinantes da AMR e GenoTyphi genótipos das montagens de genoma. O Salmonella dados do Tyfi em Pathogenwatch são curados pelo Consortium <https://www.typhoidgenomics.org>do genoma do Typhoid Global (Global Typhoid Genoma <https://www.typhoidgenomics.org> `_, como descrito `here.

As estimativas de prevalência mostradas são calculadas utilizando coleções de gêneros derivadas de quadros de amostragem não direcionados (ou seja, estudos de vigilância e encargos, em vez de estudos específicos sobre RAM ou investigações de epidemia) com o ano conhecido de isolamento e país de origem. Última atualização: 5 de Agosto de 2025.

Definições de variáveis

• Genotipes: GenoTyphi, veja Dyson & Holt, 2021.

• AMR determinants and technical details of how they are called are described in the Typhi Pathogenwatch paper and documentation.

• Casos associados a viagens são atribuídos ao país de viagem, não ao país de isolamento, veja Ingle et al, 2019.

Abreviações

• DR: multidroga-resistente (resistente à ampicillin, cloro fenícolo e trimetioprim-sulfamethoxazole)

• XDR: extensivamente resistente a drogas (MDR mais resistente a profloxacios e ceftriaxone)

• Ciprofloxacin NS: ciprofloxacin não suscetível (MIC >=0.06 mg/L, devido à presença de um ou mais genes qnr ou mutações em gyr/parC/gyrB)

• Ciprofloxacin R: resistente a ciprofloxacin (MIC >=0.5 mg/L, devido à presença de várias mutações e/ou genes)

Ferramentas relacionadas

O projeto AMRnet é baseado no painel TyphiNET, disponível em https://www.typhi. et/ e descrito no papel: Dyson et al, Genome Medicine 2025. O painel do TyphiNET inclui algumas visualizações diferentes para AMRnet e é mantido na forma descrita no papel do TyphiNET, em paralelo com AMRnet e preenchido com os mesmos dados subjacentes que foram curados pelo GTGC. Notavelmente, o TyphiNET tem o recurso adicional de desenhar combinações de marcadores AMR (para uma única droga/classe), por genótipo.