Salmonella (non-typhoidal)

Dados Salmonella na AMRnet são desenhados de Enterobase, que chama genotipos AMR usando o AMRFinderPlus <https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pathogens/antimicrobial-resistance/AMRFinder/>do NCBI atribui linhas utilizando MLST, `cgMLST e cluster hierárquico, e atribui serótipos utilizando SISTR. O painel de Salmonela (não-tyfoidal) inclui todos os gênios classificados como subspi S. enterica. enterica (com base no nível hierárquico de agrupamento 2850, HC2850=2), e excluindo todos os gêneros com o serótipo Typhi ou Paratyphi A/B/C previsto. Última atualização: 5 de Agosto de 2025.

Para informações sobre o Typhi Salmonella, por favor veja o painel do Typhi. A inclusão do Paratyphi A está planejada para 2026.

Aviso

Os dados não-tyfoidais Salmonella usados na AMRnet ainda não são curados para o propósito de amostragem, e, portanto, refletem as preconceitos dos esforços globais de sequenciamento que podem ser orientados para a sequenciação de tensões e/ou surtos de RAM. No entanto, os esforços de curadoria de dados estão em curso até lá, por favor, tenha cuidado ao interpretar os dados no painel.

Definições de variáveis

• Linhas - As Linhas são rotuladas pelo tipo sequencial de 7-locus (ST).

• AMR determinants: - Enterobase identifies AMR determinants using NCBI’s AMRFinderPlus run with default settings. AMRnet imports these AMR genotype calls, and assigns them to drugs/classes in the dashboard using the Subclass curated in refgenes, see the table.