AMRnet

O AMRnet dashboard visa fazer dados de vigilância de alta qualidade, robustos e confiáveis derivados de genoma AMR acessíveis a um público largo. As visualizações estão orientadas para a apresentação de estimativas e tendências de prevalência da RAM a nível nacional, que pode ser quebrado e explorado em termos de linhas/genótipos subjacentes e mecanismos de resistência. Não geramos dados de sequência, mas esperamos que tornando dados de depósito público mais acessíveis e úteis, Podemos encorajar e motivar mais sequenciamento e partilha de dados.

Começamos com o tufo Salmonella, baseado no nosso painel do TyphiNET que usa dados curados pelo Global Typhoid Genomics Consortium (para melhorar a qualidade dos dados e identificar quais datasets são adequados para inclusão) e analisados em Pathogenwatch (para chamar determinantes da AMR e linhas de dados de sequência). Painéis agora estão disponíveis para Klebsiella pneumoniae, Neisseria gonorrhoeae, non-typhoidal Salmonela, E. coli e Shigella usando dados provenientes das plataformas Pathogenwatch e Enterobase. No futuro, pretendemos adicionar organismos adicionais, provenientes destas e de outras plataformas.

Uma importante barreira ao uso de dados públicos para vigilância é a necessidade de cuidadosa curadoria de dados, para identificar quais conjuntos de dados são relevantes para a inclusão em estimativas conjuntas de RAM e prevalência genótico. Este tipo de curadoria pode beneficiar uma ampla variedade de usuários. Nós planejamos trabalhar com outras comunidades de órgãos para curadoria de dados, e contribuir para esforços mais amplos em torno das normas de metadados. Por favor, entre em contato se você gostaria de trabalhar conosco (amrnetdashboard@gmail.com).

Chaves de linhas:

  • O painel está acessível em https://www.amrnet.org.

  • Informações sobre a equipe do projeto (sediada na London School of Hygiene and Tropical Medicine) e o nosso grupo consultivo para políticas é here.

Citação, Código e Licença

AMRnet é um software livre e de código aberto, distribuído sob os termos da licença GPLv3.

  • O código do painel de controle é de acesso aberto e está disponível no GitHub.

  • Issues e solicitações de recursos podem ser postadas aqui.

  • O acesso à API está descrito na página Acesso aos dados.

  • Se você deseja instalar o código AMRnet para desenvolver as próprias instâncias do painel, consulte o Guia de Instalação.

If you use the AMRnet website or code, please cite AMRnet Cerdeira LT, Dyson ZA, Sharma V, et al. AMRnet: a data visualization platform to interactively explore pathogen variants and antimicrobial resistance. Nucleic Acids Res. Published online November 6, 2025.doi:[10.1093/nar/gkaf1101]. Depending on what data and visualizations you are using in AMRnet, you should also consider citing the upstream source databases and typing tools (noted in the pathogen-specific pages and here), or individual source studies (via PubMed IDs or DOIs available in the TSV download at the bottom of each dashboard).

Renúncia

AMRnet é um projeto de pesquisa de código aberto, fornecendo acesso a dados e visualizações provenientes de bancos de dados e plataformas de análise de seqüências de acesso público. O conteúdo em nosso serviço é fornecido apenas para informações gerais. Não se trata de conselhos com os quais se deve contar. Você deve obter conselhos profissionais ou especializados antes de tomar, ou abster-se, de qualquer ação com base no conteúdo do nosso serviço. Embora envidemos esforços razoáveis para actualizar a informação sobre o nosso serviço, não fazemos qualquer representação, garantias ou garantias, expressas ou implícitas, de que o conteúdo em nosso serviço está preciso, completo ou atualizado. Não somos responsáveis pelos resultados de uma informação desse tipo.

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