Salmonela (invasivo não-typhoidal)

Os dados Salmonella (invasivo não-typhoidal) no AMRnet são desenhados de Enterobase, que chama genótipos AMR usando o AMRFinderPlus <https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pathogens/antimicrobial-resistance/AMRFinder/>do NCBI do NCBI. atribui linhas utilizando MLST, `cgMLST e cluster hierárquico, e atribui serótipos utilizando SISTR. O painel do iNTS inclui atualmente todos os genomas identificados como o Typhimurium ou Enteritidis (que representam >90% do iNTS), e identifica linhagens do uso de MLST. Última atualização: 5 de Agosto de 2025.

O painel invasivo não tiróide Salmonella (iNTS) é preenchido com dados de linhagens Salmonella enterica específicas que estão associadas a doenças invasivas em países de baixos rendimentos; ou seja, Tyfimurium serotipo (ST19, ST313 e sua realeza, conforme definido por Van Puyvelde et al) e Enteritidis (clades centrais/leste e oeste da África como definidos por Fong et al). Juntos estes são responsáveis por >90% do iNTS.

Aviso

Os dados iNTS usados na AMRnet ainda não são curados para o propósito de amostragem, e, portanto, refletem as preconceitos dos esforços globais de sequenciamento que podem ser orientados para a sequenciação de tensões e/ou surtos de RAM. No entanto, os esforços de curadoria de dados estão em curso até lá, por favor, tenha cuidado ao interpretar os dados no painel.

Definições de variáveis

• Ásias: as Linhas são rotuladas pelo iTYM (invasivo Typhimurium) ou iENT (invasivo Enteritidis) seguido pelo nome da linhagem, definido de cgMLST da seguinte forma:

  • iTYM ST19-L1: HC150=305

  • iTYM ST19-L3: HC150=1547

  • iTYM ST19-L4: HC150=48

  • iTYM ST313-L1: HC150=9882

  • iTYM ST313-L2: HC150=728 and HC50=728

  • iENT CEAC: HC150=12675

  • iENT WAC: HC150=2452

• AMR determinants: Enterobase identifies AMR determinants using NCBI’s AMRFinderPlus run with default settings. AMRnet imports these AMR genotype calls, and assigns them to drugs/classes in the dashboard using the Subclass curated in refgenes, see the table.