Fontes de dados e ferramentas¶

Fontes de dados¶

Entregue¶

Agente¶

Tufo Salmonela: Um recurso global para previsões genômicas de resistência antimicrobiana e vigilância da Salmonela Typhi no patogogêwatch, Argimo├n et al 2021
Neisseria gonorrhoeae: Um recurso orientado pela comunidade para epidemiologia genómica e previsão de resistência antimicrobiana Neisseria gonorrhoeae em Pathogenwatch, Sa├nchez-Buso├et al 2021
Klebsiella pneumoniae: Rapid Genomic Characterization and Global Surveillance of Klebsiella Using Pathogenwatch, Argi├mon 2021
https://pathogen.watch/

Ferramentas de digitação¶

AMRFinderPlus¶

Usado para a digitação AMR em E. coli/Shigella e painéis Salmonela não-typhoidal

AMRFinderPlus: https://github.com/ncbi/amr
Papel AMRFinderPlus: AMRFinderPlus e o Catálogo de Genes de Referência facilitam o exame dos links genómicos entre resistência antimicrobiana, resposta de stress e virulência, Feldgarden 2021
Integração do AMRFinderPlus na Enterobase: EnteroBase em 2025: explorando a epidemiologia genómica de patogênicos bacterianos, Dyer e al 2025

Esquihia coli e Shigella¶

Nnomenclatura genotal¶

Achtman MLST esquema de 7-locus: desenvolvido por Enterobase
Genoma do esquema MLST: Guia do usuário EnteroBase, com estudos de caso nas transmissões Salmonella, Yersinia pestis fisiologia, e diversidade genómica de Escherichia, Zhou et al 2020
Agrupamento hierárquico: HierCC: um esquema de agrupamento de vários níveis para missões da população com base no genoma principal MLST, Zhou e al 2020
Banco de dados MLST: https://enterobase.warwick.ac.uk/species/index/ecoli/

Definição de Pathotype¶

O diarrheagenic E. coli (DEC) pathotypes are defined using Enterobase pathotyping logic
Identificação da espécie Shigella : Hierárquica Clustering (HC)

Salmonella (non-typhoidal)¶

Nnomenclatura genotal¶

7-locus MLST scheme: Enterobase
Genoma do esquema MLST: Guia do usuário EnteroBase, com estudos de caso nas transmissões Salmonella, Yersinia pestis fisiologia, e diversidade genómica de Escherichia, Zhou et al 2020
Agrupamento hierárquico: HierCC: um esquema de agrupamento de vários níveis para missões da população com base no genoma principal MLST, Zhou e al 2020

Serotipagem¶

Serotipes: Recurso de Digitação Salmonela em Silico (SISTR): Ferramenta Aberta para Digitação Rápida e Projecto Subtipante de Salmonela de Genoma, Yoshida et al 2016

Salmonella Typhi¶

Neisseria gonorrhoeae¶

Esquema MLST de 7-locus: Espécies of Neisseria gonorrhoeae: inferências evolucionistas e epidemiológicas de digitação de sequências multilocus, Bennett et al 2007
2-locus N. gonorrhoeae sequencia de multi antigénio tipagem (NG-MAST) esquema Identificação Rápida de Confrontos de Transmissão Gonococcal em uma grande área Metropolitana, Martin et al 2004
Banco de dados MLST e NG-MAST: PubMLST
Previsão RAM: Um recurso orientado pela comunidade para epidemiologia genómica e previsão de resistência antimicrobiana Neisseria gonorrhoeae em Pathogenwatch, Sa├nchez-Busoč et al 2021

Klebsiella pneumoniae¶

Nnomenclatura genotal¶

7-locus MLST scheme: Multilocus Sequence Typing of Klebsiella pneumoniae Nosocomial Isolates, Diancourt 2005
Esquema núcleo do tipo MLST: `Definição Genônica de Hypervirulent e Multidrug-Resistant Klebsiella pneumoniae Clonal, Bialek-Davenet al 2014 <https://doi.org/10.3201/eid2011.140206>
Sublinhagens: Uma Abordagem de Código de Barras Duplas à Nomenclatura Bacterial: Taxonomia Genômica de Klebsiella pneumoniae Strains, Hennart et al 2022
Banco de dados MLST: BIGSdb Institut Pasteur

Digitação AMR¶