Shigella + EIEC

Shigella e enteroinvasivo E. coli (EIEC) dados em AMRnet são desenhados de Enterobase, que chama genotipos AMR usando o AMRFinderPlus <https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pathogens/antimicrobial-resistance/AMRFinder/>do NCBI e atribui linhagens usando `cgMLST e hierarchical clustering. Última atualização: 5 de Agosto de 2025.

Aviso

O Shigella + dados EIEC utilizados no AMRnet ainda não são curados para o propósito de amostragem, e, portanto, refletem as preconceitos dos esforços globais de sequenciamento que podem ser orientados para a sequenciação de tensões e/ou surtos de RAM. No entanto, os esforços de curadoria de dados estão em curso até lá, por favor, tenha cuidado ao interpretar os dados no painel.

Definições de variáveis

• Lineages: a lógica usada por Enterobase para classificar genomas como Shigella ou EIEC é detalhada here. Shigella sonnei são monófilos e rotulados como linhagem “S. sonnei”. Para outros Shigella, as linhas são rotuladas pelas espécies seguidas pela ID de cluster HC400 (HierCC) (como esta nomenclatura foi mostrado para espelhar a estrutura de linhagem paráfítica de Shigella). Linhas EIEC são rotuladas por ST (por exemplo, “EIEC ST99”).

• AMR determinants: Enterobase identifies AMR determinants using NCBI’s AMRFinderPlus run with default settings. AMRnet imports these AMR genotype calls, and assigns them to drugs/classes in the dashboard using the Subclass curated in refgenes, see the table.