Klebsiella pneumoniae

Os dados Klebsiella pneumoniae são originados de Pathogenwatch, que chama AMR (usando Kleborate) e genótipos (MLST) de genomes montados de dados públicos. Última atualização: 5 de Agosto de 2025.

Aviso

O Klebsiella pneumoniae utilizado na AMRnet ainda não é curado para o propósito de amostragem, e, por conseguinte, reflectem as preconceitos dos esforços globais de sequenciamento que têm sido dirigidos, em grande medida, à sequenciamento da ESBL e da produção de carbono, ou estirpes hipervirulentas. No entanto, os esforços de curadoria de dados estão em curso até lá, por favor, tenha cuidado ao interpretar os dados no painel.

Definições de variáveis

• Genotipos

  • ST: tipo de sequência, definido pelo esquema MLST do 7-locus para o complexo da espécie Klebsiella pneumoniae

  • cgST: tipo de sequência de genoma fundamental, definido pelo esquema MLST core, mantido por Institut Pasteur

  • Sublinhagem: definida de MLST, do core-genoma, como descrito aqui

• determinantes AMR são chamados usando Kleborate v3, descrito here. Resistência de Ciprofloxacio é definida com base na previsão gerada por Kleborate. Para todas as outras drogas, a resistência é definida pela presença de um ou mais marcadores na coluna de saída de Kleborate correspondente.

• Pansuscetível: nenhum determinante de resistência identificado além de um alelo beta-lactamase SHV associado à resistência intrínseca à ampicilina (i. . não é uma variante inflexível ou resistente ao poder de SHV, veja Tsang et al 2024.

Abreviações

• ESBL: beta-lactamase do espectro extendido

• ST: tipo de sequência

• cgST: tipo de sequência de núcleo-genoma